國幣由中央銀行依照中央銀行法發行，不再委托臺灣銀行，上面印的字也更正為“中央銀行”。當時有人質疑，此舉是否是主張“中華民國在臺灣省是壹個主權獨立的國家”。當局的官方回應是，自2000年7月1日臺灣中央銀行復業以來，新臺幣的發行者在法律上是中央銀行，臺灣銀行只是受托人。印“臺灣銀行”是長期的誤解。
但1000元和500元在2005年7月20日再次修改，增加了光影變化箔膜，安全線改為光影變化箔膜安全線。500元的畫筆變暗了。
舊臺幣是指1946年中華民國行政院授權臺灣銀行在臺灣省發行的紙幣。正式名稱是“臺幣兌換券”。2000年頒布《中央銀行發行新臺幣辦法》，廢止《中央銀行委托臺灣銀行在臺灣省發行新臺幣辦法》，正式將新臺幣定為“國幣”。