二者的不同之處在於：
第壹，本金交換的方式不同。對於貨幣互換，如果協議開始和協議到期均進行本金交換，協議開始時互換雙方按即期匯率進行貨幣交換，協議到期時再按照相同的匯率進行反向交換，中間交換兩種貨幣的利息；對於外匯掉期，在協議開始（前端起息日）和協議到期（後端起息日），使用的匯率不同，分別稱為前端掉期全價和後端掉期全價，實際上是壹前壹後兩筆交易方向相反的貨幣買賣，先賣出基準貨幣再買進，或者先買進基準貨幣再賣出，改變了貨幣的持有期限。
第二，貨幣互換協議開始時間是即期；外匯掉期的協議開始時間可以是即期，也可以是遠期。
第三，持有期現金流不同。貨幣互換在協議開始和協議到期之間，涉及多期利息交換；外匯掉期只進行壹前壹後的本金買賣，不交換利息，中間沒有現金流。
第四，兩者應用情形不完全相同。