加大了中央銀行執行獨立貨幣政策的難度
在強制結售匯制度下，央行作為被動買家，需要不斷購入商業銀行賣出的外匯。官方外匯儲備的持續增長．同時也意味著央行基礎貨幣的不斷釋放。為防止基礎貨幣不斷釋放帶來的流動性過剩問題和通貨膨脹的壓力．央行又需要不斷地通過公開市場回籠資金，中央銀行貨幣政策的獨立性因而受到很大的牽制。最近連續幾年來．我國新增外匯占款數倍於新增基礎貨幣投放．正說明了壹個問題：為抵消外匯儲備劇增引發的過多貨幣投放．中央銀行不得不被動采取相當規模的對沖手段以減少貨幣流動性。
導制我國外匯儲備急劇增加
強制結售匯制度直接帶來我國外匯儲備急劇增加。高額儲備引發的外匯儲備的結構問題、風險問題、管理問題、經營問題不容忽視。而且，外匯儲備的急劇增加．集中反映了近年來我國國際貿易的不平衡和國際收支的不平衡。中國已成為國際貿易爭端和摩擦的眾矢之的。
不利於人民幣真實匯率的形成
匯率的合理性取決於外匯供求意願的真實性。在強制結售匯制度下，結匯是強制的，售匯是有條件的，零售市場外匯供求關系出現扭曲。而銀行間外匯市場實際上是外匯指定銀行間結售匯頭寸的平補市場，並不構成反映真實外匯供求的批發市場。在此基礎上形成的人民幣匯率很難反映外匯市場的真實供求。
增大了企業的運營成本
目前．企業外匯結算賬戶限額為上年經常項目收匯額的50%或80%，超過部分必須結匯，從而使企業不能按市場預期自主經營自有外匯。而只能賣給外匯指定銀行；需用外匯時，又需從銀行購匯，既增大了企業的運營成本。也不利於企業外匯風險意識的形成。同時．由於缺乏充分的外匯支配權，企業不能根據金融市場的變化情況開展套期保值、外匯期貨、期權等運作以規避風險、增加收益。這在壹定程度上削弱了企業的資本營運能力．束縛了企業參與市場競爭的手腳。