業務環節的差異?跨境電子商務業務環節更加復雜。需要經過海關通關，檢驗檢疫，外匯結算，出口退稅，進口征稅等。
在貨物運輸上，跨境電商通過快遞方式出境，貨物從售出到國外消費者手中的時間更長，因路途遙遠，貨物容易損壞，且各國快遞派送能力相對有限，集聚增長的郵包也易引起貿易摩擦。國內電子商務發生在國內，以快遞方式將貨物送達消費者，路途近，到貨速度快，貨物損壞概率低。
交易主體差異，電子商務交易主體壹般在國內，國內企業對企業，國內企業對個人或者國內個人對個人。而跨境電子商務交易的主題肯定是關境之間。可能是國內企業對境外企業，國內企業對境外個人或者國內個人對境外個人。
交易主體遍及全球，有不同的消費習慣，文化心理，生活習俗，這要求跨境電商對各國流量引入，各國推廣營銷，國外消費者行為，國際品牌建設等有更深入的了解，復雜性遠遠超出國內的電商。