1996年6月6日，長春亞泰足球俱樂部正式掛牌成立，由吉林亞泰（集團）股份有限公司註資1000萬元創建。俱樂部的第壹任主教練是李旭川，董事長為亞泰集團有限公司總裁宋尚龍，顧問為原中國足協主席年維泗。
1997年，長春亞泰參加全國足球乙級聯賽。
1997-1999年連續三次沖擊甲B失敗後，2000年長春亞泰與八壹超能合並，組成長春亞泰雄獅隊征戰2000年甲B聯賽，並取得了甲B聯賽的第五名。同年，長春亞泰決定出資1500萬元永久買斷八壹超能的甲B參賽權，自此長春亞泰成為了壹支真正的職業球隊。
2001年，長春亞泰以1個凈勝球的優勢力壓成都五牛獲得甲B聯賽第2名。但中國足協最終認定其參與了打假球，取消了其升級名額。
2002年，長春亞泰主教練殷鐵生及球隊10名主力受到中國足協處罰停賽，長春亞泰以8勝4平10負，積28分的成績獲得全國足球甲B聯賽第八名。高健以7個進球成為本賽季長春亞泰隊內最佳射手。
2003年，長春亞泰以15勝8平3負，進51球、失15球，積53分，以領先第二名河南建業5分的優勢獲得了末代甲B聯賽冠軍，成為中超聯賽第壹候補。但按中國足協的計劃，該年是調整年，進入中超的12家俱樂部必須進行嚴格的考核，暫停升降級，長春亞泰沖超失敗。杜震宇以11個進球成為本賽季長春亞泰隊內最佳射手。
2004年，中甲聯賽有兩個升級名額，但這壹年國奧隊打預選賽抽調了多名長春亞泰主力球員，使長春亞泰實力受影響，積分也被拉開。他們後壹階段奮起直追，但已經無法超越武漢和中邦兩，再次沖超失敗。
2005年7月，國奧教練組集體轉會到長春亞泰，他們帶著曹明、杜震宇等球員打著361的旗幟，最終提前完成了沖超的使命。
2006年，長春亞泰在第壹個中國超級聯賽賽季中，以13勝7平8負積46分取得了聯賽第四名。曹添堡以9個進球成為本賽季長春亞泰內最佳射手。
2007年11月14日，長春亞泰最後壹輪擊敗深圳上清飲，以16勝7平5負積55分領先北京國安1分奪得中超聯賽冠軍，成為繼大連實德、上海申花、山東魯能和深圳健力寶後聯賽開展職業化以來的第5個冠軍。杜震宇、王棟、宗磊、張笑非、張寶峰五名隊員入選了當時的國家隊。
2008年5月22日，長春亞泰在亞洲冠軍聯賽小組賽最後壹輪中，與阿德萊德聯0:0打平，雖然3勝3平保持不敗，但落後阿德萊德聯隊2分遺憾出局。
2009年1月，李樹斌獨執教長春亞泰，在球隊兩大核心杜震宇和王棟長時間因傷缺陣的情況下，李樹斌率隊奪得當年中國足球超級聯賽的亞軍。並獲得2010年亞冠聯賽參賽資格。 2009年12月4日，中超聯賽的頒獎典禮上來自長春亞泰隊的卡巴雷羅獲得了“中超最佳球員”。
2010年3月9日，在亞冠聯賽F組比賽中，長春亞泰主場9-0印尼冠軍佩西普拉，高健和金尼上演帽子戲法，9-0的比分也創造了中國俱樂部球隊在亞冠賽場上的最大勝利。 上賽季中超聯賽亞軍長春亞泰在2010年的中超聯賽中成績大幅度下滑，直至聯賽倒數第二輪才勉強保級，球隊最終獲得了中超聯賽第9名。
2011年9月17日，長春亞泰主場2比1力克廣州恒大，成為第壹支打破廣州恒大中甲、中超43輪不敗金身的球隊。賽季結束，長春亞泰最終獲得聯賽第七名。 賽季結束後，俱樂部宣布沈祥福不再擔任球隊主教練，接替他的是擁有塞爾維亞和塞浦路斯雙重國籍的薩布利奇。
2012年2月28日，長春亞泰足球俱樂部正式簽約效力於塞爾維亞超級沃爾夫蒂娜俱樂部的中場核心馬克·柳賓科維奇。 2012年賽季中，長春亞泰客場取得12勝8平10負獲得了中超聯賽的第六名。
2013年11月3日，中超聯賽最後壹輪長春亞泰1-0戰勝遼寧宏運，而青島中能0-1不敵北京國安，長春亞泰隊力壓青島中能，成功保級。 2013年中超聯賽，長春亞泰取得了8勝、8平、14負，進29球、失41球，最終積32分，排名第14位的成績。
2014年4月23日，長春亞泰在開局僅1勝3平4負戰績中，宣布主教練薩布利奇下課。 2014年4月28日，長春亞泰宣布在德拉甘出任球隊主教練， 並帶領球隊在下半賽季獲得了8勝8平14負的戰績，最終獲得中超聯賽第13名，成功保級。2014年8月3日，中超第18輪，長春亞泰主場2-1擊敗廣州恒大，完成對衛冕冠軍的雙殺。
2015年9月27日，長春亞泰1-0戰勝杭州綠城，提前三輪保級成功。 長春亞泰2015賽季***獲得7張紅牌，位列2015年中超聯賽球隊紅牌數排行榜榜首。
2016年，長春亞泰足球俱樂部迎來成立20周年，俱樂部將象征亞泰足球20年的“20號”戰袍交給了杜震宇，而杜震宇之前壹直身披的“8號”戰袍則被空出。 球隊名賽季長春亞泰1997-1999、2001-2002長春亞泰雄獅2000長春今來亞泰 2003長春巷報亞泰 2004長春城市晚報亞泰 2005長春晚報亞泰 2006長春亞泰 2007-