根據12強賽晉級規則，小組前兩名直接獲得2018年世界杯參賽資格；小組第三名獲得參加附加賽的資格，將於另壹個小組的第三名進行主客場兩場比賽，取勝後，還要跟中北美及加勒比地區預選賽的第四名進行主客場兩回合比賽，再次取勝後才能獲得2018年世界杯參賽資格。
以下是2018年世界杯亞洲區預選賽12強賽最終的積分榜：
備註，根據規則A組的前兩名伊朗、韓國；B組的前兩名日本、沙特阿拉伯直接獲得了2018年世界杯的參賽資格；A小組第三敘利亞將與B小組第三澳大利亞進行附加賽，爭奪晉級世界杯的0.5個名額。