歡樂百世公司表示，因先前發布的《碧之軌跡》激活細則中，序號激活啟動後5天需要再激活的條款受到部分用戶的反對，降低了遊戲體驗的便利性，經研究決定，《碧之軌跡》將恢復與《零之軌跡》相同的激活與反激活機制，同時取消反激活間隔時間的限制。具體細則如下：
1、本品首次運行時，需線上激活，遊戲過程中無需連線；
2、每個序號同時僅可激活壹臺電腦。若想在其它電腦激活，須先在已激活電腦上反激活；
3、上市日起壹年內可反激活上限為10次，2014年3月28日後，可無限次執行反激活；
4、本遊戲不提供離線激活及離線反激活服務；
5、如遇重裝系統、硬件變更等特殊狀況而未及時反激活者，請咨詢客服解決；
6、請妥善保管您的“遊戲序列號”，不可掛失，遺失不補；
7、任何侵權行為，壹經發現，產品序列號將做封停處理。
官方強調，因激活規則的變更，需重新制作遊戲母盤，導致部分實體版可能延遲發貨。預計《碧之軌跡》所有版本最晚在4月8日前全部出貨完畢。