根據《太平廣記?卷十二?董奉》上記載，“杏林”壹詞的來源，是出自三國時代名醫董奉的故事。董奉是東漢末至三國時的東吳名醫，醫道高明，有妙手回春之術，並以高尚的醫德修養聞名於世。董奉與華陀、張仲景同負盛名，被譽為“建安三神醫”。
董奉後來到豫章廬山隱居。他住在山裏不種田，每天為人治病，分文不取。重病的人被他治好，董奉就讓患者種植五棵杏樹，治好病況輕的，就種植壹棵。這樣經過了幾年，已經有十萬多棵，成了壹片茂盛的杏樹林。他讓山中的鳥獸都在杏林中嬉戲，樹下雜草不生，就像是故意把草鋤光壹樣。當杏子成熟後，董奉用草在杏林裏蓋了壹間倉房，還告訴人們︰“想買杏子的人，不用告訴董奉，只要把壹罐谷糧放進倉房，就可以自己取走壹罐杏子。”曾經有人放進倉房的糧食少，卻拿走很多杏子，這時杏林裏突然有壹群老虎吼叫著追出來，那人非常害怕，急忙提著杏子逃跑，卻在路旁翻倒了。回家壹量杏子，剩下的杏子正好和送去的谷糧壹樣多，故又有“虎守杏林”之說。董奉每年賣杏得來的谷糧，全都用來救濟貧窮人家，及提供給旅行在外缺少路費的人，壹年能發出去兩萬多斛谷糧。
董奉有精湛的醫術卻不重名利，為人樂善好施，他崇高的醫德被人們敬仰、傳頌，成為千古佳話。因此，“杏林”也就成為醫學界的代稱了。