稅務分析基於合並理論中涉及的稅務問題(非貨幣性資產需要照常視為銷售)；合並中說企業合並取消企業資產的合並轉讓，企業股東獲得收益。企業合並涉及資產轉讓。財稅[2009]59號文第四條第四項規定，除特殊稅務處理規定外，企業重組應當按照本通知的規定進行稅務處理:
(1)被合並企業應當按照公允價值確定被合並企業資產和負債的計稅基礎。
(2)被合並企業及其股東應按清算納稅。
(3)被合並企業的虧損結轉彌補虧損，即壹般稅務處理。
例:企業A與企業B合並，企業B賬面凈資產為5000萬元，公允價值為6000萬元。企業B股東以4000萬元合並新企業股權，其非股權支付為2000萬元。企業A以公允價值6000萬元接受企業B的凈資產，企業B在計稅基礎上的增值為10萬元，需要按規定繳納企業稅，按清算處置。
財稅[2009]59號文件第五條規定，企業改制並符合下列條件的，適用特殊稅務處理規定:
(1)具有合理商業目的的減免稅或緩繳稅款的主要目的。
(二)收購、合並或分立中的資產或股權比例符合本通知規定的比例。
(3)企業重組在12個月內改變重組資產原有的實質性經營。
(四)重組交易價格中涉及的股權支付金額符合本通知規定的比例。
(5)原大股東在企業重組後連續65，438+02個月內轉讓收購的股權。該文件符合通知第5條規定的要求。企業合並的股東支付的股權金額低於交易支付總額的85%，且屬於同壹控制下的企業合並期權交易需要支付的股份支付暫確認為資產轉移或損失。
比如A企業和B企業合並的賬面凈資產為5000萬元，公允價值為6000萬元。企業B股東受讓被合並企業股權5500萬元，非股權支付500萬元占交易支付總額的92%(5500÷6000×100%)，超過85%。雙選的特殊稅務處理是100的資產增值部。置換確認轉讓或損失的假設比例超過85%的，資產增值部繳納企業稅654.38+00萬元，股份支付250萬元。