集裝箱的運費常見收取如下：
1、通過規定最低運輸費用的方式
規定最低運費等級。如中遠公司規定以7級貨為最低收費等級，低於7級貨均按7級收費。
規定最低運費噸量。如遠東航運公司規定，20英尺箱最低運費噸實重貨為17.5噸，尺碼貨為21.5立方米，W/M/為21.5運費噸。規定最低箱載利用率。不高於該貨物等級的貨物，均以規定的最高計費等級收費。
2、通過規定最高運輸費的收費方式
規定最高計費噸位：如貨物體積超過集裝箱通常載貨容積時，仍按標準體積收費。若按等級包箱費率計費，而箱內等級不同時，則可免較低貨物等級的運費。
集裝箱運輸費用構成
1、整箱/整箱：裝港拖箱費+碼頭操作費+運費+卸港碼頭操作費+拖箱費。
2、整箱/拼箱：船務公司提供的拖箱費+碼頭操作費+運費+拆箱費。
3、拼箱/拼箱：裝箱費+運費+拆箱費。
4、拼箱/整箱：裝箱費+運費+碼頭操作費+船公司提供的拖箱費。