套期保值是國債期貨最基本、最重要的市場功能之壹，是指國債現券持有者利用期貨市場來對沖利率波動。套期保值過程中的損益和相關不利因素直接影響套保效果。
套期保值的原理
在國債期貨套期保值操作中，投資者會根據現貨頭寸反向建立期貨頭寸，其目的是使得期貨和現貨的組合頭寸風險盡量呈現中性。這樣操作的原因主要在於：壹，期貨和標的現貨價格之間會存在較強的相關關系；二，隨著期貨合約到期日的臨近，現貨市場與期貨市場價格趨向壹致。
需要說明的是，投資者在套期保值中也失去了價格朝有利方向變動而獲利的機會，這是因為壹個市場上獲得的利潤將被另壹個市場上的損失所抵消。因此，套期保值在鎖定風險的同時，也鎖定了未來交易的損益。
套期保值的操作原則
套期保值應大致遵循標的品種相同或相近、交易方向相反、數量相當、月份相同或相近等原則。
標的品種相同或相近原則。在做套期保值交易時，選擇的期貨品種應盡量和所需套保的現貨品種相同。若沒有完全相同的期貨品種時，應選擇最相近的期貨品種來保值。只有期貨標的和所需套保的現貨品種相同或相近時，期貨價格和所需套保的現貨價格之間才有可能形成緊密的關系，在兩個市場上采取反向操作才能有效規避風險。
交易方向相反原則。套期保值者在做套保交易時，應在現貨和期貨市場上采取相反的買賣行動，即在兩個市場上處於相反的買賣頭寸位置。由於期貨和相應現貨價格變動趨勢相同，只有遵循交易方向相反原則，交易者才能在壹個市場上虧損的同時在另壹個市場上盈利，從而達到風險中性的目的。
數量相當原則。這裏的數量相當並不是指期貨數量與現貨數量壹致，而是指為達到套期保值目的所需的期貨合約數量與現貨數量有壹定關系，必須依據現貨數量合理確定期貨合約數量。
月份相同或相近原則。月份相同或相近原則是指在做套期保值交易時，所選用的期貨合約的交割月份最好與交易者將來在現貨市場上實際買進或賣出現貨的時間相同或相近。因為隨著期貨合約交割期的到來，期貨價格和現貨價格趨向壹致，套期保值的損益受期末期貨和現貨差異的影響較小，而是完全由期初建倉時期貨和現貨價格決定。
套保比率的計算方法
在國債期貨的套期保值交易過程中，最重要的就是確定套期保值比率。套期保值比率是指債券現貨組合價格變動與壹張期貨合約價格變動的比例。由於各種債券對利率變動的敏感程度不相同，在運用國債期貨對固定收益債券進行套期保值時，固定收益債券現貨的價值與所需國債期貨合約的價值之間並不是1:1的關系。在完美套期保值下，由於利率波動引起的現貨價格波動的損失應正好被期貨頭寸的盈利沖抵，即債券組合價格變化=每個期貨合約價格變化×套期保值比率。
由此可得：套期保值比率=債券組合價格變化/每個期貨合約價格變化。
1．基點價值法
2．運用久期
上述兩種計算套期保值比率的方法都是基於壹定的經驗法則。
經驗法則1：
經驗法則2：
期貨合約的久期等於最便宜可交割國債的久期。
上述經驗法則有著致命的缺陷。當收益率低於轉換收益率時，理論期貨價格曲線的斜率高於低久期國債（CTD)轉換價格的曲線的斜率。那麽，賦予該期貨合約的DV01（CTD券的DV01)低於其實際的基點價值，則由經驗法則產生的套保比率過高。當收益率高於轉換收益率時，理論期貨價格曲線的斜率小於高久期國債（CTD)轉換價格的曲線的斜率。那麽，賦予該期貨合約的DV01（CTD券的DV01)高於其實際的基點價值，則由經驗法則產生的套保比率過低。當收益率通過轉換收益率時，經驗法則會造成期貨DV01產生不連續的跳躍，壹個基點的變化可能會導致套保比例產生較大的變化。不過上述缺點可以通過壹些方法進行改進，比如通過采用期權調整的DV01或者是收益率貝塔進行修改。
套期保值損益分析
在國債期貨的套期保值中，難免會涉及國債現券以及國債期貨合約，因此在對套期保值的損益進行分析時，需要分別對國債現券以及國債期貨合約的損益進行分析。
國債現券的損益=國債凈價的變化+期間的利息收入（含利息的再投資收益）-國債的融資成本
國債期貨的損益=國債期貨價格的變化（凈價）
上述公式的壹個假設是套期保值期內沒有票息支付。
當套保期內有息票支付時，不能直接用套期保值期內的國債現券全價的變動來表示息票收益與資本利得。當套期保值期間國債現券沒有票息支付時，那麽，利息收入等於國債期貨持有期間國債現券的應計利息增加值，即息票乘以其實際持有天數。當套保期間國債現券有票息支付時，此處假設國債的利息是壹年支付壹次，那麽，利息收入等於實際收到的票息的再投資收益加上應計利息。
影響套保效果的因素
運用國債期貨對國債現券進行套期保值，將國債現貨的價格變動風險降低為基差風險，大大降低了風險頭寸，可仍然沒有將風險敞口降至零，仍面對基差風險，因此，基差風險的存在影響著套期保值的效果。
不同期限收益率利差的變化
如果套期保值者持有的是非CTD券，那麽，未預期到的收益率利差變化可能產生損益。尤其是，如果進行套保的國債收益率相對於CTD券的收益率下降，或下降程度比CTD券的收益率β計算的要高，那麽，在國債上的收益比預期要高，或者在期貨交易中的損失要更低，即以歷史數據估計出來的β來預測CTD券和套保國債之間的關系有可能失效。
交割期權價值的變化
國債期貨的空方擁有從壹系列可交割券中選擇CTD券的權利，即交割期權，而期權價值變動的核心是波動率，如果實際波動率大於預期波動率，則期權價值上升，為空頭套保頭寸增加收益。如果實際波動率小於預期波動率，則期權價值下降，造成空頭套保頭寸收益下降。
回購利率的變化
對應期限回購利率將導致期貨價格發生變化，這種變化和即期收益率變化是不相關的。對套期保值者來說，如果沒有對回購風險暴露措施，則對應期限回購利率的變化將成為套期保值頭寸損益的額外來源。而我國貨幣市場上又缺乏合適的對沖工具，所以這壹部分風險可能會影響套保的效果。回購利率的上升通常給期貨空頭帶來損失，而其下降則會有利於期貨空頭。
基差風險
在套期保值中基差起到了關鍵作用。套期保值者將絕對現貨價格風險管理，轉變為相對的基差風險管理。在實際操作中，完美的套期保值往往是很難達成。這是因為基差風險可能會來自以下幾個方面：壹是需要對沖價格風險的資產與期貨合約的標的資產可能並不完全壹致，這時需要利用交叉套期保值而不是直接套期保值，但兩個市場上的收益率差異存在諸多不確定性因素；二是套保者可能並不確定資產買入及賣出的時間；三是套保者可能需要在期貨到期月之前將期貨進行平倉。
因此，為了盡量規避基差風險，套保者在選擇期貨合約時，應考慮兩個因素：壹是選擇期貨合約的標的資產；二是選擇交割的月份。具體來說，如果被對沖資產剛好與期貨標的資產吻合，第壹個選擇就很容易，其他情況下需要確定哪壹種可以使用的期貨合約與被對沖資產的價格有最密切的相關性。交割月份的選擇與幾個因素有關。如果需要套保的時間與期貨交割月份壹致，就應直接選擇該交割月份的期貨合約。在實際操作中，套保者通常會選擇壹個隨後月份交割的期貨合約，這是為了避免交割月份期貨價格的不穩定，以及期貨多頭在交割月份持有合約而面臨不得不接受資產交割的風險。如果需要套保的時間與期貨交割月份並不壹致，則盡量選擇與需要套保時間最接近的交割月份合約。