90年代中，我國期貨市場發展走上了壹個"小高潮"。但是，由於人們認識上的偏差，尤其是受到部門和地方利益的驅動，在缺乏統壹管理和沒有完善法規的情況下，中國期貨市場出現盲目高速發展的趨勢。
到1993年底，全國期貨交易所達到50多家，期貨經紀公司300多家，而各類期貨兼營機構不盡其數。這壹超常規的發展也給期貨市場帶來了壹系列問題如：交易所數量過多，交易品種嚴重重復，期貨機構運作不規範，地下期貨交易四處泛濫，從業人員魚龍混雜，良莠不齊。這些都嚴重制約了我國期貨市場的進壹步發展，並且導致了人們對期貨市場的種種誤解。
為了遏止期貨市場盲目發展，國務院授權中國證監會從1993年開始對期貨市場主體進行了大規模的清理整頓和結構調整。至1999年年底，經過七年的清理整頓，各項措施基本到位，監管效率明顯提高，市場秩序趨於正常。經過清理整頓和結構調整。上海、大連、鄭州三家期貨交易所因相對管理規範，運作平穩而得到保留，150余家期貨經紀公司經過最後的增資審核而得以繼續從事期貨經紀業務的資格。經過幾年的運作，在優勝劣汰的市場規律選擇之下，壹批管理比較規範，運作較為平穩，發展相對成熟的期貨品種脫穎而出，如：上海期交所的銅、鋁；大商所的大豆；鄭州商品交易所的小麥。同時經過資格考試和認定，產生了壹批具有期貨從業資格的從業人員隊伍。
2000年12月28日，成立了行業自律組織——中國期貨業協會，標誌著我國期貨業正式成為壹個具有自律管理功能的整體。至此，經過十年的發展，我國期貨市場的主體結構趨於完善，壹個相對獨立的期貨業基本形成。同時，期貨市場發揮了應有的作用。壹是形成了以期貨交易所為核心的較為規範的市場組織體系；二是為相關企業提供了壹個套期保值的場所；三是為廣大投資者提供了壹個良好的投資場所。
發展階段(2000年以來)分為品種轉換，政策肯定與支持兩個階段。
品種轉換階段：從重規範到重發展的過渡階段以2000‘年中國證監會實行“扶大限小(扶持大品種，限制小品種)”為主要標誌，表明行使監管職能的國家部門已經初步準備結束試點，讓期貨市場在國民經濟整體體系中發揮更大的作用。
在試點階段，期貨市場既取得了壹定經驗，又付出了壹定形象和信譽損失，可以說是為取得經驗支付的成本，但這種成本不能無限期的由社會支付。
在試點階段，小品種的交易既無損於國民經濟的正常運行，又可以在運行中總結經驗。但沒有期貨市場社會功能的更大發揮，期貨市場就會遊離於國民經濟體系之外，很難找準自己的位置。而期貨市場不能發揮為國民經濟服務的功能，僅剩投機功能時，其和賭場就更為相似，同時，也吸引大量的社會資本遊離於實體經濟之外，這對於資本短缺的國家來說，更是非常不利的。
讓期貨市場盡快融人中國經濟體系是中央監管部門的責任，也是期貨市場當時主要的階段性目標。讓期貨市場融入國民經濟，首先要控制市場風險，不對社會穩定構成威脅，在風險可控的基礎上，要盡快地實現關系國計民生品種的穩步活躍，發揮積極的社會功能。2000年前，由於制度約束，期貨市場活躍的幾乎都是生產和流通量都小的品種，如鄭州市場的綠豆連續數年壹枝獨秀，最高時曾占全國期貨總成交量的57％(其他品種如小麥成交量很少)。進入21世紀，市場經濟體制逐漸完善使制度約束有所改變，但由於路徑依賴，投資者很難自覺地較快而平穩地轉向關系國計民生的大品種。中國證監會在確定促進關系國計民生的大品種活躍的戰略目標後，必須考慮路徑選擇問題。如何“扶大限小”?交易成本和投資回報是投資者考慮是否轉移投資的基本因素。為此，中國證監會提高了當時非常活躍的綠豆的交易保證金，降低了大品種的交易保證金，從而基本實現了活躍大品種，限制小品種的戰略目標。
政策肯定與支持階段。以2004年1月31日發布《國務院關於推進資本市場改革開放和穩定發展的若幹意見》(國九條)為標誌，《意見》中明確提出：“穩步發展期貨市場。在嚴格控制風險的前提下，逐步推出為大宗商品生產者和消費者提供發現價格和套期保值功能的商品期貨品種。”這是在中央的文件中首次正式提出發展期貨市場。
《意見》反映了中央高層對多年治理整頓結果、試點交易所的基本認可。在中央發出這壹信號後，阻力重重的新品種上市工作迅速取得進展，在2004年上市的品種有棉花、燃料油、玉米，這是自1998年確定各交易所上市品種以後近6年來，第壹次上市期貨新品種①。之後，2006年1月，又有白糖、豆油兩期貨品種上市交易。2006年12月，化工產品精對苯二甲酸(PTA)在鄭州商品交易所上市交易。可以說，《意見》之後，中國期貨市場又正式走上了發展的康莊大道。
具有裏程碑意義的是，2006年9月8日，經國務院批準，國內以金融期貨交易為目標的中國金融期貨交易所在上海掛牌成立。這壹事件表明：壹，在從商品期貨起步，經過多年的試點之後，中央政府肯定了期貨市場可以服務於中國有特色的市場經濟；二，中國的金融市場在現貨市場單兵突進的同時，也遇到了制度上的瓶頸，需要通過制度創新，用衍生品市場的避險功能來保障、促進金融期貨市場的持續健康發展。
至此，中國期貨市場經過艱難的試點過程，在規範整頓中逐步發展，並隨著國民經濟的發展和市場經濟體制的完善日益顯示出其存在的合理性和發展的必要性。在21世紀之初，期貨市場發展的法治、政策環境已經具備，壹個兼具商品和金融的綜合性的期貨市場已經初現輪廓。
中國期貨市場的歷程表明，期貨市場內生於商品經濟，但只有在市場經濟體制比較成熟、法律法規比較完善的情況下，才可能真正發展並發揮積極的社會功能。隨著市場經濟的不斷發展，必然伴隨著金融深化，期貨市場也必然經歷商品期貨、金融期貨等歷程，其發展的深度與廣度不能脫離於經濟發展的客觀基礎，也不能長期滯後於實體經濟發展的要求。