鄭商所會員大會是交易所的權力機構，由全體會員組成。理事會是會員大會的常設機構，設理事長1人。理事會由17名理事組成，其中會員理事10名、非會員理事7名。理事會下設監察、小麥交易、交割、財務、調解、會員資格審查、技術委員會等7個專門委員會，理事會辦公室是理事會的常設辦事機構。
交易所設總經理1人、副總經理2人、總經理助理1人。總經理為交易所法定代表人。
交易所內設綜合部、研究發展部、市場壹部、市場二部、交易部、交割部、結算部、市場監察部、新聞信息部、法律事務部、計算機工程部、財務部、人力資源部等十三個職能部門。