巡視組內設20個職能處室，分別是辦公室(黨委辦公室)、壹偵至十五偵、壹內審、二內審、壹至三偵技、紀檢(監察)室。辦公室(黨委辦公室)負責兵團的行政事務和黨務管理；查處證券期貨市場內幕交易、操縱市場、虛假陳述、欺詐發行等壹至十五起重大、緊急、敏感、跨區域案件。十五個調查辦公室分別由五個調查大隊協調；內審壹處和內審二處交叉分工，負責對兵團偵查部門提交的偵查終結案件進行內審審查；偵查技術科1-3負責電子證據收集、數據分析、信息調查、案件管理、稽查和辦案系統開發等相關工作；紀檢(監察)室負責兵團的廉政建設和紀檢監察工作。