1.農學:作為農業大學，農學專業自然是最受歡迎的。其中植物保護、園藝學、草業科學、種子科學與工程受到很多學生的青睞。這些專業培養了大量的農業技術人員，為我國農業的發展做出了巨大貢獻。
2.動物科學:動物科學也是雲南農業大學的壹大特色。畜牧獸醫、水產養殖等專業培養了大批動物醫學和水產養殖技術人才，為我國畜牧業發展提供了有力支撐。
3.食品科學與工程:隨著人民生活水平的提高，對食品安全和營養的要求越來越高。食品科學與工程專業培養了大批食品研發、生產和檢測方面的技術人才，為我國食品工業的發展提供了有力保障。
4.環境科學與工程:環境保護成為全球關註的焦點，環境科學與工程專業應運而生。雲南農業大學環境科學與工程專業培養了大批環境保護技術人才，為我國環境保護事業的發展做出了貢獻。
5.信息與計算科學:隨著信息技術的快速發展，學生越來越重視信息與計算科學。雲南農業大學的信息與計算科學專業培養了大批計算機技術人才，為我國的信息化建設提供了強有力的支持。