首先，現貨、期貨交易方式不同。目前我國股市實行T+1交易，期貨實行T+0交易。由於套利機會壹般都很短暫，在現有交易機制下，可能會碰到套利頭寸建立後當天就回到獲利區間，但因為現貨T+1交易的限制而無法平倉，增加了套利風險並降低了資金使用效率。
其次，現貨市場缺乏賣空機制。由於我國融資融券還沒完全放開，市場缺乏現貨賣空機制，因此期現套利只能在股指期貨價格被高估的情況下進行正向套利，不能直接進行反向套利。
第三，交易成本的影響。交易成本包括買賣現貨、期貨的交易手續費，市場沖擊成本等，套利交易需要套利者買入或賣出標的指數壹攬子股票，就滬深300指數而言，傳統的套利需要套利者買入或者賣空近300只股票。由於各成分股的流動性不同，完全復制指數時沖擊成本較高，而且交易規模越大沖擊成本越高。
第四，保證金管理。套利交易具有占用資金量大的特點。投資者需要對保證金進行動態管理，追求合理保證金水平下的收益最大化。 收起