綠鞋機制並不是十全十美，在對我國股市具有的積極作用下，它具有二重性質，它的運作存在著缺陷與弊端。
第壹，誘導上市公司產生“投資饑渴癥”，助長惡性圈錢之風。
目前我國上市公司的股權結構大多存在“壹股獨大”現象，控股股東利益與普通投資者利益不壹致。為了追求控股股東利益，上市公司必然會最大限度從普通投資者手中募股籌資。而綠鞋機制給予了控股股東或其代理人壹個更大的操縱工具。它的實施極可能被利用來在股票發行時，上市公司不惜違背誠信，不顧市場實際情況，盲目的盡可能使用最大限度的超額配售選擇權，發售新股給認購的投資者，最大程度募集股金，從而引發上市公司“投資饑渴癥”，助長其惡性圈錢行為。這個過程中受益最大的只有上市公司控股股東和高級管理層，普通投資者利益被削弱殆盡，對股市的良好平穩運行將是巨大打擊。
第二，弱化了主承銷商的風險意識，不利於其經營管理的改善。
綠鞋機制的實施，可使主承銷商糾正當初失誤的判斷，把可能造成的損失降低到最低。這將會大大弱化主承銷商的風險意識，其極可能不根據市場變化選擇承銷方式，不對中長期趨勢作正確的判斷和預測，而是過度依賴綠鞋機制使用的無風險或低風險，追求多獲承銷費。主承銷商將繼續在低水平低風險層次上進行競爭，不利於其風險意識的樹立，不利於其落後的經營管理水平的提高，從長期看，也將阻礙資本市場的發展，損害各方參與者利益。
第三，造成市場的不平等競爭，滋生投機和腐敗。
壹方面，由於配售部分絕大多數為重倉，能夠進行超額配售選擇權認購的幾乎只能為機構投資者，中小投資者因資金實力限制被排除在外，造成了市場參與者的不平等競爭。另壹方面，綠鞋機制實則壹種股票期貨交易方式的演變，其規範與監管難度極大。機構投資者因其自身強大的資金實力及信息獲取能力等各方面優勢，在配售選擇權行使時，極易與承銷商聯手，導致關聯方的暗箱操作，甚至進行違法違規操作，這就為投機與腐敗的產生提供了機會。
第四，市場監管機構的監管能力、自律能力與市場公信力將經受嚴峻考驗。
市場監管機構的職責是營造公平競爭的環境，維護市場秩序和原則，保護投資者利益。若投資者認購超額配售的新股後，市場表現不佳，道德風險和逆向選擇等惡性事件頻頻發生，那麽監管機構的各方面能力都將受到強大沖擊。