建立科學而有效的套保管理體系，是企業套保成功的重要保障。企業對套保的管理可以從組織結構設計、計劃體系、管理和評估以及動態風險監控四個方面落實。其中套保組織結構設計要取決於四大因素：壹是行業特點，風險敏感型行業（如大宗商品、金融）集中為好，風險適度行業（如家電、日化）有限集中為好；二是公司規模，規模越大，越需要集中管控；三是經營的品種，差異化較大組織結構宜分散，同質性較強則宜集中；四是管控基礎，集中需要專家和信息報告體系，分散則需要加強管控體系。
另外，對企業套保的績效考核辦法不壹，也是企業尤其是國企很頭疼的事情。中期研究院院長王紅英建議，從期貨和現貨、過程和結果兩方面對套期保值績效進行考核。過程考核從制度合規、程序合規、執行效率三個方面進行評分，同時賦予相應的權重進行分數累計，對不同級別的考核分值進行相應的獎懲。結果考核則要根據企業考核的目標是逐筆對沖還是綜合考評區別對待。