2.進行反向套利(初期買指數期貨、賣現貨指數)時，如果相應操作為融券情況，在賣空現貨指數後股票大漲情形下，套利操作將面臨保證金追加風險，從而加大資金投入額，稀釋利潤。另外，套利操作過程中融券的股票可能會出現暫停交易、除權除息等情況，造成融券的股票必須強制回補，而使模擬股票組合中部分股票部位暴露在風險中，阻礙套利交易進行。
3.進行套利操作時，套利部位必須迅速建構完成，否則期貨與現貨關系會改變。而短期間進場買進或賣出大規模的現貨，會造成供需失衡進而影響現貨價格變化，使得最後成交價與買賣價格出現差距產生買賣價差，即市場沖擊成本。因此，因為不同股票的流動性不壹致，因此市場沖擊成本需要被估計。如果此成本被低估，套利可能轉為套損，因此合適地控制市場沖擊成本將是套利成功關鍵之壹。
4.在以持有成本模型和期貨預期理論來構建套利操作時，因為股利的預期成為期貨理論價格估計中的重要組成部分，所以股利發放的不確定性成為套利操作中的風險因素。