任何事物都有兩面性，套利交易也不例外。除了上述優點外，還有以下幾處不足：
1、潛在收益受限制。在許多投資者看來，套利的最大缺點是潛在的收益受限制。這是很正常的，當妳限制了交易中的風險，通常也會限制妳的潛在收益。不過，最終是否選擇套利交易，還得權衡套利的諸多優點和有限的潛在收益。
2、絕好的套利機會很少頻繁出現。套利機會的多寡，與市場的有效程度密切相關。市場的效率越低，套利機會越多；市場的效率越高，套利機會越少。就目前國內的期市而言，有效程度還不高，各個期貨品種每年都會存在幾次較好的套利機會。不過，相對於單邊大趨勢，每年的套利機會也算多的了。
3、套利也有風險。套利雖然具有有限風險、更低風險的優點，但畢竟還是有風險的。這種風險來自於：價格偏差繼續錯下去。合約之間的強弱關系往往在短期內保持“強者恒強，弱者恒弱”的態勢。假如這種價格偏差最終會被糾正，套利者在這種交易中也不得不遭受暫時的損失。如果投資者能承受這種虧損，最終就會扭虧為盈，但有時投資者無法熬過虧損期。況且，如果做空的合約遇到擠空現象且持續到該合約交割，那麽價格偏差將無法糾正，套利交易必以失敗告終。
套利投資風險來源評估
成功的投資源自於對風險的認識和把握。和其它投資壹樣，期貨套利投資也存在壹定的風險，分析評估其風險來源有助於正確決策和投資。具體來說，套利投資中可能存在如下風險：
（壹）價差往不利方向運行。除了期現套利之外，其余套利方式均是通過價差的變動獲利，因此價差的運行方向直接決定了該項套利盈虧與否。我們在做套利投資計劃時，應該充分考慮到價差往不利方向運行的可能性，如果壹次套利機會價差不利運行可能造成的虧損為200點，而價差有利運行可能導致的贏利為400點，那麽這樣的套利機會就應該把握。同時，也應對可能的價差不利運行設定止損，並嚴格執行。鑒於價差的風險如此重要，在實際操作中壹般給予其風險權重為80% 。
（二）交割風險。主要是指期現套利時能否生成倉單的風險以及在做跨期套利時倉單有可能被註銷重新檢驗的風險，由於在做壹份套利計劃時已經詳細考慮到了上面的情況，並做了周密的計算，因此，我們給予該風險權重為10% 。
（三）極端行情的風險。主要是指出現極端行情時交易所可能會強制平倉的風險。隨著期貨市場的日趨規範，這類風險已經越來越小，而且，該風險還可以通過申請套期保值等方法來回避。因此，同樣給予其權重為10% 。
套利交易其對應的交易對象和所制定的交易策略不同於價格單邊交易，兩者之間沒有絕對的優劣，是壹種獨立於單邊交易的投資交易渠道。而對兩者的取舍，很大程度上取決於投資者的風險偏好、投資風險和資金大小。
壹般情況下，套利交易所涉及到的合約間價差的變化比單壹合約的價格變化要小得多，屬於風險小、收益穩定的交易方式。所以，套利交易主要是大資金量，或者風格穩健的交易者的投資選擇。下面我們對套利交易的整體優勢或者特點進行說明。
對沖相關商品的不確定性
（1）更低的波動率和風險
相對於單種商品而言，套利交易對沖了部分影響價格變動的不確定因素，因此，在壹般情況下，價差的波動比價格的波動小得多，套利者所面臨的風險更小，同時減小了投資者的資金管理壓力。
（2）有限風險
對於那些有對應現貨運行機制的套利，還可以做到有限風險，甚至理論無風險。例如，如果可存儲商品近期合約的價格低於遠期合約，且價差高於商品的持有成本，可以進行買入近期合約、賣出遠期合約套利。即使在臨近交割時，遠期合約對近期合約的價差擴大了，套利者可以選擇在近期買入交割、在遠期賣出交割，因此，這種套利是有限風險套利。這也是通常所說的“現貨持有套利（cash and carry arbitrage）”。
（3）對漲跌停板形成保護
許多套利交易的對沖特性，不但對日間價格波動形成對沖，還可以對漲跌停板形成保護。例如，因為政治事件、重大事故、天氣、政府報告等突發事件，期貨價格會出現暴漲暴跌，甚至漲停或者跌停，這時候，做反的頭寸就會在平倉前損失慘重，甚至會造成交易者賬戶虧空。而在同樣的條件下，套利交易者基本上受到了保護，造成的損失往往比單邊交易小得多。
（4）風險/收益比更具吸引力
相比於給定的單邊頭寸，套利頭寸可以提供壹個更有吸引力的收益/風險比率。雖然每次套利交易收益不很高，但成功率高，這是由價差的有限的風險、更低的風險以及更低的波動率特性決定的。長期而言，做單邊交易盈利的只占少數，往往10個人中才有3個人盈利。而套利不壹樣，它有收益穩定、低風險的特點，所以它具有更吸引人的收益/風險比率，從而更適宜大資金的運作。
套利是獨立於投機的交易策略
客觀而言，投資方式之間沒有絕對的優劣，對投資方式的選擇，很大程度上取決於投資者的風險偏好、投資風險和資金大小。套利交易是壹種風險相對單邊交易小、收益穩定的交易方式。其對應的交易對象和所制定的交易策略不同於單邊的價格交易，因此，是壹種不同於單邊交易的可選擇的投資交易方式。
在壹般情況下，套利交易所涉及到的合約價差變化比單壹合約的價格變化要小得多，並且獲利機會較多。同時，套利是用“兩條腿”走路，所以，套利交易往往是大資金量，或者風格穩健的交易者的主要投資選擇。實際上，基於套利收益穩定、投入資金較多的特點，基金是進行套利交易、獲得套利利潤的壹個上佳途徑。