1、性質不同：
國庫券是國家財政當局為彌補國庫收支不平衡而發行的壹種政府債券;
短期國債是中央政府為籌集財政資金而發行的壹種短期政府債券。
2、期限不同：
國庫券的期限壹般在在1年以下;
短期國債的期限壹般在1年以上。
3、形式不同：
國庫券是實物性債券;
短期國債是記帳式和憑證式債券。
二、短期國庫券：
1、短期國庫券是政府部門發行的短期債券，主要用於彌補財政入不敷出和為到期的政府債券提供融資。因為有政府信用作擔保，短期國庫券幾乎沒有違約風險；同時因為期限短，有活躍的二級市場可供交易，短期國庫券流動性很強。正是因為這些特點，短期國庫券深受投資人歡迎，是最重要的貨幣市場工具。
2、它同時也是指美國政府發行的債務證券，期限少於壹年。短期國庫券通過競標過程發售，價格相對面值有折扣，所以不會像大部分其他債券壹般支付定額利息。短期國庫券簡稱或Bills，為國庫證券(Treasury Securities)之壹。是貨幣市場(Money Market)中最重要和最活躍的信用工具之壹，由政府承諾在發行日起經特定時日(通常不超過壹年)向持票人償付壹定金額的負債證券。
4、此種證券是由財政部按拍賣方式折價出售，面值和發行價格的差價是投資的報酬。其可分為四種：三個月，六個月，九個月及壹年，但以三個月占絕大部分。國庫券具有無信用風險，高度流動性及易於轉讓等特質。
三、長期國庫券：
長期國庫券是指期貨合約標的期限在10年至30年之間的各種利率期貨，包括國庫券期貨和市政公債指數期貨，有保證及時還本付息、市場流動性高等優點。