深港通與滬港通參考匯率中間價壹致，結算匯率取決於滬深港股通市場各自買賣凈額的大小和方向，以及各自的換匯匯率，因此滬深港股通結算匯率並不壹定壹致。
港股通交易以港幣報價，以人民幣進行交收。買賣港股通換匯由中國結算登記公司在香港完成，中國結算登記公司根據當日買入賣出凈額換匯，每日早上公布當天的參考匯率，每日日終確定實際結算匯率。
其中港股通包括深港通和滬港通，滬港通是指內地投資者委托內地證券公司，經由上交所設立的證券交易所服務公司，向聯交所進行申報，買賣規定範圍內的聯交所上市的股票；深港通是指內地投資者委托內地證券公司，經由深交所設立的證券交易所服務公司，向聯交所進行申報，買賣規定範圍內的聯交所上市的股票。
深港通與滬港通參考匯率中間價壹致，結算匯率取決於滬深港股通市場各自買賣凈額的大小和方向，以及各自的換匯匯率，因此滬深港股通結算匯率並不壹定壹致。
深港通正式開始之後，由於滬、深結算分公司換匯機制相同，所以每日參考匯率滬港通下的港股通和深港通下的港股通完全相同。但是，滬、深結算分公司獨立換匯，而滬港通下的港股通和深港通下的港股通，兩者的成交量會不同，按照買賣軋差分攤成本後，匯率分攤至投資者可能存在較小的差異。
相關資料：
2014年4月10日，中國證券監督管理委員會和香港證券及期貨事務監察委員會發布《中國證券監督管理委員會 香港證券及期貨事務監察委員會 聯合公告》，決定原則批準上海證券交易所（以下簡稱上交所）、香港聯合交易所有限公司（以下簡稱聯交所）、中國證券登記結算有限責任公司（以下簡稱中國結算）、香港中央結算有限公司（以下簡稱香港結算）開展滬港股票市場交易互聯互通機制試點（以下簡稱滬港通）。