根據上述職責，上海市金融服務辦公室設9個內設機構：
（壹）辦公室
1、負責文秘、檔案、機要、保密、聯絡協調、會議安排、督查督辦工作；
2、負責政務信息的收集、整理、編輯和報送工作；
3、負責輿論宣傳和媒體聯系工作；
4、負責上海金融網的管理維護和辦公信息化工作；
5、負責金融系統安全穩定工作的督促、檢查、落實和信訪接待、辦理等工作；
6、負責人大代表書面意見、政協委員提案的辦理工作；
7、負責機關行政、後勤、財務管理工作；
8、承辦領導交辦的其他工作。
（二）綜合協調處
1、負責與中央層面上海國際金融中心建設協調推進機制及其組成部門的聯絡工作。負責與中央駐滬金融管理部門的聯絡工作；
2、負責上海市推進國際金融中心建設領導小組辦公室的日常事務，負責有關信息的收集、編輯和報送。跟蹤推進上海國際金融中心建設有關工作的落實、進展情況；
3、具體協調推進浦東綜合配套改革相關工作；
4、加強與有關部門的聯系，落實推動長三角地區金融聯動發展服務工作；
5、研究提出促進航運金融發展的意見建議，落實促進航運金融發展的有關工作；負責協調離岸金融業務；
6、落實與國內其他地區金融交流、合作的日常工作等。
7、承辦領導交辦的其他相關工作。
（三）政策研究室（發展規劃處）
1、組織編制本市推進國際金融中心建設規劃、本市金融業發展的中長期規劃和年度工作計劃；
2、跟蹤境外國際金融中心發展情況，根據上海國際金融中心建設的要求，提出推進上海國際金融中心建設的意見建議；
3、研究提出促進上海國際金融中心建設的相關金融稅收政策建議；
4、研究分析國家宏觀經濟政策和本市金融運行情況，提出改善本市金融發展環境，推進金融改革開放創新的對策建議；負責起草領導綜合性講話稿以及重要材料；
5、承擔上海國際金融中心研究會秘書處的工作，組織編寫《上海金融發展報告》；
6、承辦領導交辦的其他相關工作。
（四）金融市場服務處（上市重組處）
1、研究提出推進上海金融市場體系建設、促進金融市場和上市公司創新發展的意見和建議；
2、負責與上海外匯交易中心、銀行間同業拆建中心、上海黃金交易所、上海證券交易所、上海期貨交易所、中國金融期貨交易所等在滬金融市場機構的聯系、協調、服務等工作，配合推動其創新發展。承擔金融市場及其他市場機構聯席會議的日常工作；
3、落實推進上海多層次資本市場體系建設的工作，落實本市非上市公司股份轉讓市場建設的有關工作；
4、落實推進再保險市場建設工作；
5、會同本市有關部門和監管機構推動本市企業改制上市，促進本市上市公司完善法人治理結構，利用資本市場開展兼並重組等資本運作；
6、承辦領導交辦的其他相關工作。
（五）金融機構服務處
1、加強與本市銀行業、證券業、保險業的聯系，跟蹤掌握本市銀行業、證券業、保險業發展動態，研究提出完善上海金融機構體系建設的意見和建議。配合有關部門，推進本市金融機構的改革發展；
2、負責與中央及各類在滬金融企業及其上級管理部門的日常聯系，做好協調服務工作，促進其業務發展；
3、落實地方金融國資的日常監管工作。研究提出地方金融國資總體布局、優化地方金融資源配置和戰略重組的建議，落實相關工作。承擔市金融國資國企改革發展領導小組辦公室的日常工作；
4、落實市屬金融企業日常管理工作，督促市屬金融企業貫徹執行國家有關方針、政策，掌握市屬金融企業整體經營情況和重大相關工作情況。承擔推進市屬金融企業上市及重組的日常工作，促進市屬企業完善法人治理機制，加快改革創新；
5、承擔地方新設金融機構的審核、籌建等方面的服務協調工作；
6、承辦領導交辦的其他相關工作。
（六）地方金融管理處
1、跟蹤國家對新興金融行業發展的政策研究和政策出臺情況，研究提出本市的貫徹實施方案和建議；
2、落實本市小額貸款公司的設立審批、日常監管和風險處置工作。落實為本市小額貸款公司發展營造良好環境的工作；
3、承擔推進本市股權投資企業的設立和發展的工作，研究提出並協調落實相應的扶持政策；
4、加強與律師、會計、評級、公估、金融資訊等中介服務業的溝通，促進金融中介服務機構的健康發展；
5、促進新金融行業與金融機構的合作交流，負責推動建立對新金融行業的服務平臺；
6、承辦領導交辦的其他相關工作。
（七）金融合作處
1、研究本市經濟和社會發展過程中的金融需求，提出金融服務經濟社會發展的政策建議，並配合有關的部門實施；
2、配合有關部門，推進新型金融工具的運用、推廣並服務於地方經濟發展與社會管理；
3、負責與央行征信中心的聯系和協調，加強與信用評級機構的聯系和服務，促進本市金融業統壹的征信平臺建設；
4、承擔本市中小企業貸款擔保工作聯席會議辦公室的相關工作；
5、按照金融支持本市經濟社會發展工作機制，探索建立市區聯運的工作機制，配合有關部門完善本市各金融集聚區的規劃，落實金融資源與區縣對接工作；
6、承擔金融支持上海農村和農業經濟發展的工作；
7、承辦領導交辦的其他相關工作。
（八）金融穩定處
1、會同金融監管機構和有關部門建立金融風險監測、預警和防範工作機制。研究提出防範和化解金融風險的意見建議；
2、負責加強與有關部門的聯系和協調，完善金融風險處置工作預案，健全日常溝通協調機制。承擔“3+2”聯席會議的日常工作；
3、協助金融監管機構和市有關部門整頓和規範金融秩序，開展打擊非法金融活動工作；
4、負責提出來制定地方性金融法規的意見建議，推動落實本市推進國際金融中心建設法制工作；
5、落實本市金融風險事件的處置工作；
6、會同市有關部門，加強金融法制宣傳、普及；
7、承辦領導交辦的其他相關工作。
（九）聯絡推廣處
1、負責與外資金融機構的日常聯絡、配合協調和信息交流等服務工作，並按照中央對金融業開放和發展有關要求，提出相應的意見和建議；
2、研究提出集聚各類金融機構和金融人才的政策建議和工作措施。協調、聯系有關部門，落實吸引金融機構和金融人才的政策；
3、落實上海國際金融中心的推介工作。具體承擔“陸家嘴論壇”的籌辦工作，負責國際顧問和國內專家委員會的日常工作；
4、負責專業化金融培訓的國際合作，協調推進國際金融資質認證機構的引進和發展；
5、協調推進滬港、滬臺金融合作事宜；
6、負責國際交流和與外國使、領館在金融事務方面的聯絡、溝通和服務工作。
7、承辦領導交辦的其他相關工作。