按照《上海期貨交易所章程》，總經理為交易所法定代表人。交易所設有辦公室、新聞聯絡部、發展研究中心、金融期貨事業部、國際合作部、市場部、交易部、交割部、結算部、信息部、監查部、技術部、法律事務部、人力資源部、財務部、行政部、駐北京聯絡處等17個職能部門。
會員大會是交易所的權力機構，由全體會員組成。理事會是會員大會的常設機構，下設監察、交易、交割、會員資格審查、調解、財務、技術等10個專門委員會。