1.檢查和調查:涉嫌虛增投資的水利項目需要監管機構或相關部門進行徹底的檢查和調查。檢查人員可以通過查閱項目數據、市場價格、勞動力流動性等綜合分析判斷財務數據的真實性。
2.虛增投資的撤銷:虛增投資確實存在的，可以依法撤銷虛增投資，追回資金，轉回對公賬戶。
3.問責:對虛增投資的相關責任人追究法律責任，包括行政責任和經濟賠償責任。在處理過程中，要綜合考慮虛增投資額度的大小、投資者對事實的了解程度、損失情況等方面來確定責任人的責任和賠償標準。
4.完善監督機制:對於水利工程投資虛增的問題，要加強水利工程的審計監督機制。加強監管機構的協調配合，發揮監管作用，規範和約束水利工程建設行為。同時，建立健全水利工程審計評估機制，加強對各類水利工程的審計監督，從源頭上預防和遏制水利工程虛增投資的發生。