1. 定義和界定農戶：政策中並未明確定義什麽是農戶，不同地區對農戶的定義可能存在差異。這可能導致在實施過程中難以準確判斷哪些貸款屬於農戶貸款，從而給稅務機關的征稅工作帶來困難。
2. 監管和驗真難題：金融機構在實施貸款政策時需要進行申報和審核程序，以確保貸款真實用於農業生產。然而，對於貸款用途和真實性的監管和驗真往往面臨挑戰，如何確保金融機構和農戶之間的貸款關系的真實性和透明性是壹個關鍵問題。
3. 審核和管理成本：為了正確實施這項政策，稅務機關需要對金融機構的申報進行核實，從而保證政策的公平和合理性。然而，審查和核實的成本將會增加稅務機關的工作負擔，也會給金融機構和農戶帶來額外的管理成本。
4. 稅收監管和避稅問題：壹些金融機構和農戶可能會利用此政策進行濫用和避稅行為，將本不屬於農業貸款的款項假借為農戶貸款進行免稅。如何加強對貸款資金流向的監管和稅收遵從的監督，是實施中需要考慮的難題。
綜上所述，盡管實施金融機構農戶貸款利息收入免征增值稅政策有助於促進農業發展，但在實行中可能面臨該問題。稅務部門可以適時修訂政策，加強監管和溝通，以解決實施過程中的難點。