（壹）直接充值還款
借款人可通過網銀充值、委托他人轉賬等方式將還款資金提前存入指定的支付寶賬戶，支付寶將於扣款日（還款日次日，通常為21日淩晨）自動劃扣。直接充值還款的優點是可隨時操作，還款方便；缺點是充值後資金停留在支付寶賬戶中，存在壹定還款風險。
（二）使用“助學貸款還款”功能還款
借款人本人或委托他人使用“助學貸款還款”功能，按照支付寶系統提示逐步完成還款。對於申請了提前還款的借款人，可在還款日前隨時使用“助學貸款還款”功能還款；對於未申請提前還款但有逾期或到期等應還本息的借款人，可在系統結息（通常為每月1日）後至還款日前使用“助學貸款還款”功能還款。使用“助學貸款還款”功能的優點是隨還隨扣，資金在賬戶中不停留，安全性高，同時可以使用任何壹個支付寶賬戶為指定借款人還款。
打開支付寶網站，借款人用打印在《借款合同》上的支付寶賬戶登錄（初始密碼在《受理證明》上）。登錄支付寶網站後，點擊下圖所示的“還款”按鈕。點擊左側的“助學貸款還款”按鈕。打開“助學貸款還款”應用界面後，點擊“我要還款”。輸入“借款人支付寶賬戶名”、“借款人身份證”和“驗證碼”即可查詢出還款信息。確認無誤後，進入下壹步。可以選擇用支付寶賬戶余額、網銀以及快捷支付進行付款，建議用快捷支付進行支付，因為該方式無需要開通網銀。選擇銀行，輸入銀行卡卡號以及手機號（壹定要跟在銀行預留的手機號壹致）。點擊“同意協議並付款”，即可支付成功。