1、貸款利率不同公積金貸款5年以上貸款利率為3.25%，產生的總利息低。商業貸款，無折扣的情況下貸款利率為4.9%，貸款的總利息比較高。組合貸款的貸款利率介於3.25%和4.9%之間，貸款的總利息相對適中。
2、貸款的額度不同公積金的貸款額度受個人公積金繳存年限、余額的限制，此外，政策還規定了公積金的最高可貸款額度。組合貸款和商業貸款的貸款額度比公積金的貸款額度高。因此，很多人在公積金貸款額度不夠的情況下，選擇組合貸款。
3、貸款的條件不同商業貸款的要求是個人信用良好，沒有不良征信記錄，具備還款能力。只要是購買房屋，不管是普通住宅還是商住樓、別墅、寫字樓，都可以采用商業貸款。采用公積金貸款，也要求個人的信用良好，此外還有要求，就是自貸款之日起前6個月，個人的公積金賬戶須是連續正常且足額繳納的。公積金貸款僅針對購買普通住宅的家庭，別墅等非普通住宅、商住樓等非住宅，是不可以使用公積金貸款的。組合貸款則必須同時滿足公積金貸款和商業貸款的要求。