大橋通車之後，要不要收費，如何收費，頗受人們關註。
廈門路橋的年費制與廈漳大橋收費制度並沒有關系，在廈門已繳交過路橋年費的車輛，通行廈漳大橋時還要交錢。
廈漳跨海大橋總投資50多億元，其中六成靠貸款，因此要實行收費還貸，收費期初定為15年。那麽，預計本月底大橋通車後，過橋費怎麽收呢？記者從廈漳大橋有限公司了解到，2013-05-08）收費方案已報省政府審批。按照方案，單趟收費為25元。
據了解，廈漳大橋收費方案由廈漳大橋有限公司邀請交通部所屬科研院所，根據大橋還貸期和通車流量的近遠期變化等數據進行測算，並綜合考慮國內收費大橋的普遍狀況進行制定。而杭州灣跨海大橋，全長36公裏，過橋費為80元，按照這樣換算出來的每公裏單價，10公裏長的廈漳大橋收費也是在20至30元間。
另據了解，廈漳跨海大橋的投資主體是招商局、漳州、廈門三方，而廈門方所占股份最少。此外，大橋建成後，將由漳州高速公路公司管理，並納入省高速公路系統。
因此，廈門路橋的年費制與廈漳大橋收費制度並沒有關系，廈門已經繳交過路橋年費的車輛，通行廈漳大橋時，還是需要交錢。
不過，從另壹個角度來說，根據《重大節假日免收小型客車通行費實施方案》，在方案中規定的免費通行時間內，7座以下（含7座）的小型客車在通過廈漳大橋的時候也將同樣享受免費 。