祁門紅茶的歷史可以追溯到明朝萬歷年間(1573-1619)。當時的祁門縣因為地理位置優越，氣候溫和，土壤肥沃，發展了種茶經濟。直到清朝道光年間(1821-1850)，祁門紅茶才逐漸取代盛行的綠茶和花茶，成為祁門茶的代表品種。
近代歷史上，祁門紅茶得到了積極的發展。1927年，祁門縣第壹家茶廠成立，標誌著祁門紅茶開始大規模運銷和生產。1940年代期間，祁門紅茶受國內戰亂影響，幾乎停產。但1949之後，在國家對茶葉生產的大力支持和投入下，祁門紅茶生產逐漸恢復，並得到國際市場的認可。
21世紀初，祁門紅茶迎來了新的發展機遇。2002年，祁門縣被評為中國祁紅茶原產地之壹，在全國推廣普及祁門紅茶。2005年，祁門紅茶被國家質檢總局評為中國國家地理標誌產品。目前，祁門紅茶已經形成了獨特的生產工藝和品牌，深受國內外消費者的喜愛。