區別：在企業性質上，農商銀行產權制度由合作制變為股份制，股權結構和公司治理結構更加合理，股東話語權增強。在監管機構上，農商行的監管標準要比信用社高，有利於農商行穩健可持續發展
1.從企業性質來說:農村商業銀行是股份有限公司，農村信用社是股份合作制企業，農村合作銀行是過渡時期的壹種過渡形態，現在已經不允許組建合作銀行了，而且銀監會正力爭2017年前把全部信用社改制成農商行，屆時農村信用社將退出歷史舞臺。
2.從監管機構來說，商業銀行主要受銀監會監管，而信用社作為省聯社的發起人，卻主要受省聯社監管，這種制度與現行的法人治理結構相悖，所以省聯社也_將成為歷史。監管指標和存款準備金方面，農村信用社也相對寬松。改制後的農商行將突破農村信用社無法開展商業銀行業務的限制，獲得更好的發展。同時改制過程中壹般信用社會吸收新的股東作為銀行發起人，這將是非常難得的絕好的理財機會。
農村信用社為入股社員服務，實行民主管理，社員壹人壹票的農村金融合作機構。
農村商業銀行的股本劃分為等額股份，同股同權、同股同利的股份制地方性金融機構。
在服務重點方面，主要為轄區內農業、農民和農村經濟發展服務，但由於農村商業銀行是在經濟相對發達地區組建，農業比重較低，因此，在滿足“三農”需要的前提下，還需要兼顧城鄉經濟協調發展的目標。農村信用社的服務對象則更多地側重於農戶。
現今，農村信用社仍是農村金融系統的主體機構，經過金融體制改革後，壹些省份已經完全轉化(例江蘇、安徽)或部分轉化(例浙江、廣東等)為農村商業銀行。
在招聘考試方面，基本都是由省聯社統壹組織的，同壹省內考試內容大致相同。