首先，購房者在辦理住房貸款時，銀行可能會索要發票作為貸款的證明之壹。如果實際購房款60萬，但發票只有40萬，可能會導致銀行認為購房者購房款來源不明或者有其他問題，從而拒絕或降低貸款額度。
其次，如果購房者需要辦理房產證、落戶等手續，發票的金額可能會影響這些手續的辦理。如果發票金額與實際購買價格不壹致，可能會導致手續辦理困難或無法辦理。
此外，如果買方未來需要出售房屋，開票金額可能會影響房屋的售價。如果開票金額低於實際購買價格，可能導致銷售時需要繳稅或者價格低於市場預期。
因此，購房者應該要求開發商開具實際購房金額的發票，以確保自己的權益得到保障。同時，購房者要妥善保管購房合同、發票等憑證，以備不時之需。