①評價的角度不同。
財務效益評估是從財務角度對項目進行分析，考察項目的財務盈利能力；國民經濟評估是從國民經濟和社會角度對項目進行分析，考察項目的經濟合理性。
②評估的目標不同。
財務效益評估以企業的凈利潤為目標；經濟評估的目標是對社會福利和國家基本發展目標的貢獻及資源有效利用和合理分配。
③費用與效益的含義和範圍劃分不同。
財務效益評估是根據企業直接發生的財務收支，計算項目的費用和效益；經濟評估是根據項目所消耗的有用資源和對社會提供的有用產品（包括服務）來考察項目的費用和效益。財務效益評估只考察項目的直接費用和直接效益，國民經濟評估除考察其直接費用和直接效益外，還要考察項目所引起的間接費用和間接效益。
④計算的基礎不同。
財務效益評估采用國內現行市場價格，將行業基準收益率或國家長期貸款利率作為折現率，采用國家規定的官方利率；經濟評估采用近似社會價值的經濟合理價格（影子價格）、社會折現率或國家基準收益率作為折現率，並且使用國家調整匯率（影子匯率）。
⑤評估的內容和方法不同。
財務效益評估的內容和方法比較簡單，涉及面較窄，采用企業成本效益分析方法。經濟評估的內容較多，方法較復雜，涉及的範圍較廣，需采用費用效益分析，成本效益分析和多目標綜合分析等方法。