海洋生態保護是指采取有效措施，保護紅樹林、珊瑚礁、濱海濕地、海島、海灣、入海河口、重要漁業水域等具有典型性、代表性的海洋生態系統，珍稀、瀕危海洋生物的天然集中分布區。
1999年12月全國人民代表大會常務委員會修訂通過的《中華人民***和國海洋環境保護法》對海洋生態保護作出規定：凡具有下列條件之壹的，應當建立海洋自然保護區：
（壹）典型的海洋自然地理區域、有代表性的自然生態區域，以及遭受破壞但經保護能恢復的海洋自然生態區域；
（二）海洋生物物種高度豐富的區域，或者珍稀、瀕危海洋生物物種的天然集中分布區域；
（三）具有特殊保護價值的海域、海岸、島嶼、濱海濕地、入海河口和海灣等；
（四）具有重大科學文化價值的海洋自然遺跡所在區域；
（五）其他需要予以特殊保護的區域。
另外，凡具有特殊地理條件、生態系統、生物與非生物資源及海洋開發利用特殊需要的區域，可以建立海洋特別保護區，采取有效的保護措施和科學的開發方式進行特殊管理。