公積金貸款扣款程序是銀行設置的自動扣款業務。只要第壹次扣款不成功，系統就會自動發起第二次扣款。簡單來說，無論是銀行商業貸款還是公積金貸款，都是由電腦系統自動扣款。如果第壹次扣費不成功，後面會再扣壹次。
公積金對貸款逾期的影響:
1.暫停提取公積金:還款期間，貸款人逾期的，公積金中心將暫停提取公積金，直至貸款正常償還；
2.收取逾期利息:公積金逾期，需要支付貸款利率50%的罰息；
3.長期逾期會處理抵押物:非惡意長期逾期，銀行可以用房產拍賣彌補公積金中心的損失；
4.影響擔保人的信用:公積金貸款往往需要提供擔保人。貸款人逾期時，擔保人的信用也會受到影響；
5.不良記錄:貸款逾期中的公積金逾期記錄會上傳到人民銀行征信，對以後的貸款申請影響很大。
綜上所述，大部分人願意選擇公積金貸款，是因為貸款成本低於商業貸款。但是因為貸款周期長，如果壹時經濟困難很容易逾期。
法律依據:
《住房公積金管理條例》第二十二條
住房公積金管理中心應當為繳存住房公積金的職工出具有效證明。