扣款後公積金那邊已經將款打給貸款銀行，銀行入賬後會顯示已還款。公積金貸款每月還款可以從銀行的儲蓄賬戶中扣款。借款人需在每月還款日前按照貸款還款計劃表上的本息金額將款項存入己開立的儲蓄卡中，等到還款日當天，銀行會自動扣除。
如果未及時存款或存款余額不足的從21日開始按罰息利率計算並收取滯納金。也可以從公積金賬戶扣除，不過需要去辦理公積金沖還貸的業務，每月還款日的當天才會自動從賬戶中扣除。
公積金余額查詢
1、網上查詢
查詢人登錄當地公積金管理中心官網，點擊個人住房可公積金查詢按鈕即可。
2、櫃臺查詢
櫃臺查詢指的是查詢者到當地公積金管理中心辦事大廳的查詢方法，需要攜帶公積金聯名卡和身份證。如果代替別人查詢還需要攜帶被查詢人的公積金聯名卡和身份證
3、電話查詢
可撥打全國住房公積金熱線12329，按照語音提示輸入公積金類型、業務類型、查詢類型，輸入公積金聯名卡號或者身份證、密碼就能查詢(初始密碼為身份證後四位加00)。