但是，貸款資金是由財政部門承擔的。他們根據貸款人的還款能力、貸款項目前景、擔保落實情況、借款人的個人信用等來決定是否放貸。，農村貧困戶和低保戶難以從金融企業獲得貸款。從而出現“能拿到貸款的個人沒有貼息資格，有貼息資格的貸款人很難拿到銀行貸款”，導致扶貧貸款對象出現偏差和錯位，嚴重影響扶貧貸款到戶的順利進行。
二是宣傳動員工作不到位，農村貧困農民對相關政策沒有達成廣泛理解。很多農民不知道扶貧貼息貸款的相關政策。
三是認識有偏差，各鄉鎮積極性沒有調動起來。鄉鎮人民政府負責貧困農戶貸款的組織協調、貼息對象資格的審核、貼息資金的發放等許多復雜而艱巨的基礎工作，僅以縣扶貧辦的名義下達指導性計劃，沒有激勵機制和專項工作經費。部門協調難，鄉鎮人民政府怕困難。
而且扶貧貼息貸款到戶沒有納入鄉鎮人民政府年度目標考核，大部分鄉鎮黨政領導沒有充分重視這項工作。由於鄉鎮遲遲不辦理貼息貸款，貼息資金無法到達貸款農戶手中，也影響了貧困農戶的貸款積極性。
四是規定的貼息期限短，金額小，貼息標準過低，幫扶力度不夠。文件規定，扶貧貸款到戶貼息期限為1年，額度為每戶2萬元以內。貼息資金是貸款1，000元每年貼息500元。目前農戶貸款利率普遍超過10%，貸款貼息後農戶仍需支付5%以上的利息，與其他銀行不貼息的商業貸款利率差不多，貼息貸款的優勢無法體現。