1.公積金賬戶被凍結，賬戶無第三方扣款功能，卡已過期，換卡未激活。
2.公積金中心系統中還款賬戶名稱或賬號與銀行不符；
3.公積金賬戶資金不足。
公積金歸集扣款失敗的處理方法如下:
1.可以申請重新扣款:如果扣款日期還未過，可以向扣款銀行卡中轉入足夠的還款金額，然後致電公積金貸款機構申請重新扣款；
2.可以還款:如果公司繳納公積金扣款當天余額不足，可以通過轉賬支票、銀行匯款或現金的方式再次繳納。
公積金委托扣款流程如下:
1.攜帶公司公章、法人章到公積金中心，與公積金中心簽訂委托扣款協議；
2.攜帶公章、法人章、財務章、委托扣款協議、授權委托書到銀行並與銀行簽訂協議；
3.與銀行簽訂後，銀行留存壹份協議，另外兩份交公積金中心備案，壹份由公司留存。
綜上，單位應當自每月發放工資之日或者與管理中心約定的日期起5個工作日內辦理住房公積金匯繳手續。單位欠繳住房公積金，或者緩繳住房公積金到期的，應當及時補繳住房公積金。
法律依據:
《住房公積金管理條例》第二十條
單位應當按時足額繳納住房公積金，不得逾期繳納或者少繳。
繳存住房公積金確有困難的單位，經本單位職工代表大會或者工會討論通過，經住房公積金管理中心審核並報住房公積金管理委員會批準，可以降低繳存比例或者緩繳；單位經濟效益好轉後，提高繳存比例或延期補繳。