地方航道及其航道設施由省、自治區、直轄市交通主管部門設置的航道管理機構管理；壹般是省、地、市三級管理，也有省級管理。在水運發達地區，可以增加縣級管理。管理機構和權限的確定，由省、自治區、直轄市交通主管部門根據本省情況，報省、自治區、直轄市人民政府審批。
專用通道及其通道設施由專用部門管理。除軍事專用頻道外，其他專用頻道應接受地方頻道管理機構的業務監督和指導。
第九條各級交通主管部門在航道管理方面的主要職責是:
(壹)組織宣傳貫徹《條例》和本細則以及國家其他有關航道建設、養護和管理的方針、政策、法律、法規和相關技術標準；
(二)組織編制所轄航道發展規劃，並配合有關部門編制專用航道發展規劃；
(三)配合有關部門編制與航運相關的流域綜合規劃或者區域綜合規劃；
(四)向交通部或省級人民政府申請劃分航道技術等級；
(五)協調航道管理和航運事宜；
(六)依據《條例》和《細則》，處罰違反航道管理的行為，或者授權航道管理機構處罰。
第十條各級航道管理機構的主要職責是:
(壹)根據《條例》和《細則》等國家有關規定和技術標準，管理、維護和建設所管轄的航道和航道設施；