組合貸款公積金余額可用於償還商業貸款，但需要註意的是，公積金用於沖抵貸款時實行公積金優先原則。
貸款人申請組合貸款後，可以申請使用其住房公積金賬戶內的資金直接還貸。但對於組合貸款還款業務，只支持住房公積金的個人住房貸款部分，商業貸款的還款在法律上由商業銀行執行。
如果購房時申請組合貸款，每月公積金余額可以取出來還商業貸款，因為還房貸符合公積金提取條件，可以申請商業貸款自助提取簽約協議。
公積金貸款還款的辦理流程
1.申請沖抵還貸時，申請人應提供配偶身份證、戶口本或相關部門出具的有效結婚證。
2.已發放貸款的申請人持上述材料向中心提出申請，並填寫《住房公積金委托年度還貸協議》。
3.申請新貸款的申請人持上述材料向貸款銀行提出申請，並填寫委托協議。
4.中心授權貸款銀行對申請人提供的材料和信息的準確性進行審核，符合要求的簽署委托協議，並將協議復印件報送中心。
5.委托還貸關系建立後，公積金中心將按約定時間從還貸客戶的住房公積金賬戶中提取本辦法中的住房公積金余額，並劃轉至住房公積金貸款受托銀行。
6.委托貸款還款關系自簽訂委托貸款還款協議的次月起生效。