住房公積金貸款的對象是繳納住房公積金的職工。商業貸款屬於個人住房貸款，面向所有人。
第二，貸款利率不同
5年期以上商業貸款基準利率為6.55；5年以上住房公積金貸款利率為3.25。
第三，貸款流程和審批時間不同。
商業貸款壹般在購房者辦理過戶前進行審核，審批時間在20個工作日左右。主要審查機構是銀行，即決定權在銀行；住房公積金貸款壹般是轉移後審核，審批時間在40個工作日左右，需要住房公積金管理中心審批。由住房公積金管理中心做出決定，銀行只是執行機構。
四、貸款來源和利息用途不同。
商業貸款主要是商業銀行的貸款；住房公積金貸款的主要資金來源是繳存人繳納的住房公積金。
《公積金管理條例》第二十七條申請住房公積金貸款的申請人應當提供擔保。
第二十八條住房公積金管理中心在保證住房公積金提取和貸款的前提下，經住房公積金管理委員會批準，住房公積金可以用於購買政府債券。
住房公積金管理中心不得向他人提供擔保。