壹、付款用途不同
往來款通常用於集團內母子公司資金的往來轉賬，不是明確的貨款或是其他經濟事項的交易內容。
貨款則用於出票單位給收款單位支付的采購貨款，收款單位為出票方的供應商。
二、應用單位不同
往來款通常只用於集團內母子公司資金的往來轉賬，屬於關聯交易；而貨款除了應用於母子公司直接，還可以應用於其他無關聯關系的單位或個體戶。
擴展資料：
支票填寫的註意：
壹、用途：
1、現金支票有壹定限制，壹般填寫“備用金”、“差旅費”、“工資”、“勞務費”等。
2、轉帳支票沒有具體規定，可填寫如“貨款”、“代理費”等等。
二、 蓋章：
支票正面蓋財務專用章和法人章，缺壹不可，印泥為紅色，印章必須清晰，印章模糊只能將本張支票作廢，換壹張重新填寫重新蓋章。
三、進賬：
1、填進賬單，壹式三聯。
2、轉賬支票送交銀行有兩種方式：
（1）交到收款人的開戶銀行，收款人需要蓋章背書，支票的背書欄填上收款方開戶行，下欄寫委托收款。並在背書框內蓋上銀行預留印章,即財務專用章和法人章。
（2）若擔心對方簽發的是空頭支票，也可以去付款方的開戶銀行存支票，此時支票不需要背書。
參考資料：
百度百科-支票