部隊公積金和地方公積金的區別有使用方法不同、繳費方式不同、提取方式不同、貸款審核不同、貸款額度不同。
①使用方法不同：軍隊的住房公積金是不能用於償還住房貸款的，而地方公積金在公積金繳存者買房貸款後，可以使用住房公積金來抵扣房貸。
②繳費方式不同：軍隊公積金由單位直接繳納，軍人自己不需要承擔繳費，而地方公積金通常都是由單位和個人***同所繳納的，繳納比例為5%-12%，具體的繳存比例由單位確定。
③提取方式不同：部隊公積金只能在軍隊退伍時才能壹次性取出，如果在部隊申請公積金貸款了，退伍結算時，所在單位財務部門會將其住房補貼和住房公積金劃轉至協作銀行，用於償還貸款本息。地方公積金購房、租房、離職、退休等情況都可取出來，在單位填表申請或者去當地公積金管理中心提交提取申請。
④貸款審核不同：部隊申請公積金貸款的，貸款審核由部隊進行，單位財政部門將其住房補貼和住房公積金劃轉至合作銀行償還貸款本息。而地方公積金貸款的審核是由住房公積金管理中心進行審核的。
⑤貸款額度不同：部隊住房公積金貸款最多可以申請40萬的貸款額度，其余部分需要辦理商業貸款，而地方公積金貸款額度是根據借款人的個人住房公積金賬戶余額，借款人還款能力，所購房屋價值，以及當地住房公積金貸款限額多個因素確定的。