1、利率優勢住房公積金貸款作為政策性貸款，其最明顯的特點就是利率低。從目前5年期以上貸款來看，商業貸款的年利率為6.55%，而住房公積金貸款年利率僅為4.5%，兩者相差2.05個百分點。
2、還款方式靈活公積金貸款的還款方式極為靈活，借款人只要每月的還款額不低於最低還款額，就可以隨意確定月還款數額，非常便於借款人的資金安排。商業貸款提前還款，如果是非壹次性提前還款其數額必須為1萬或5萬的倍數，而公積金貸款則無具體規定，只要大於最低還款額的，全部視為提前還款金額。商業貸款對於提前還款次數有明確規定，而公積金貸款則是每月都有三次提前還款機會，貸款人甚至可按月隨時調整自己的提前還款額。
3、貸款成數高，期限長商業貸款最高壹般只能貸到七成，購房人首付壓力較大。而公積金貸款最高可貸到八成，購房人首付壓力較小。公積金貸款年限較長，相應每月還款金額較少。商業貸款的貸款年限最高只能貸到25年，而且大多數二手房最高只能貸到20年，無形中造成月供壓力較大；而公積金貸款的年限最高可達30年，月供壓力較小。
4、房齡限制少公積金貸款對房齡限制較靈活，而商業貸款對於房屋年齡的限制較嚴，大部分銀行對於1985年以前的房屋不予貸款，並且貸款年限隨著房齡的增長而縮短。而公積金貸款對於房齡的限制較少，房齡與貸款年限相加不超過50年即可。商業貸款借款人的年齡加上貸款年限必須小於65周歲，而公積金貸款則對借款人年齡無限制。此外，符合公積金貸款要求的借款人如果沒有申請公積金貸款，以後再購房仍可以申請公積金貸款；如果已經辦理過公積金貸款，只要還清貸款並符合公積金繳存規定的，也可以再申請公積金貸款。