《星際爭霸2》的劇情延續了《星際爭霸2》原著的劇情和世界觀，保留了《星際爭霸2》的部分兵種和建築。同時，壹些兵種被賦予了新技能，壹些兵種被淘汰或替換。舊兵種、升級兵種、全新兵種壹個接壹個出現，為了各自種族的生存，他們戰火燒遍銀河系。
背景故事:
母巢之戰四年後，吉姆？雷諾和他的追隨者組成了反叛組織“流浪者”。他們在休伯利安對Ak tours發起了攻擊。蒙斯克的革命，而後者通過宣傳和恐嚇逐漸奪回了對帝國的控制權。？
獨自帶著悔恨的吉姆遇到了他的老朋友tychus Finley，後者成為了壹名逃犯，並同意了他的提議，共同取回壹系列外星文物，並將其出售給莫比斯基金會。？
在追尋神器的過程中，雷諾逐漸發現，除了他之外，凱瑞甘的蟲群、刀鋒女王、精神的極端主義者塔達林也在覬覦神器碎片，這讓他對神器產生了興趣，也越來越迷茫。在壹次搶奪帝國補給列車的戰鬥中，雷諾意外獲得了壹臺老舊的聯邦“副官”機器人。通過解鎖機器人，他們掌握了蒙斯克利用外星昆蟲襲擊聯邦舊首都的證據。