1）住房公積金貸款利率比商業銀行住房貸款利率低，五年（含五年）以下公積金貸款年利率為4.14%，商業銀行1-3年（含3年）最低為5.427%，3-5年（含五年）最低為5.508%；五年以上住房公積金貸款年利率為4.59%，商業銀行同期個人住房貸款利率最低為5.751%。
2）貸款對象的條件要求不同，公積金貸款對象需要是在住房公積金中心繳存人；商業住房貸款不需要是公積金繳存人。
3）對單筆貸款最高額度規定不同，壹般來說，商業銀行住房貸款對單筆貸款最高額度沒有規定；而目前公積金貸款規定在市區購房的雙職工同時繳存住房公積金的，最高貸款額度不超過20萬元，單職工繳存住房公積金的，最高貸款額度不超過10萬元；在縣購房的雙職工同時繳存住房公積金的，最高貸款額度不超過12萬元，單職工繳存住房公積金的，最高貸款額度不超過6萬元。
4）對單筆貸款最長貸款年限規定不同，商業銀行住房貸款對單筆貸款最長貸款年限規定為不超過30年（實際操作中基本控制在20年以內）；而目前公積金貸款規定市區最長貸款年限為20年，縣最長貸款年限為15年。