1、貸款條件：商業貸款的對象是經資信考察合格；公積金貸款必須是繳存公積金的在職職工，要連續足額繳納壹定的期限，才可以辦理。
2、房屋類型：購買普通住宅，可以使用公積金貸款，但購買商業用房和別墅，不可以使用公積金貸款；而商業貸款，則不受房屋類型的限制。
3、貸款流程、審批機構不同。
4、貸款利率不同：公積金貸款利率低、利息低；商業貸款的利息會相對高壹些。
5、資金來源不同。