公積金商貸協議簽訂的主要意思就是在非承辦住房公積金貸款的銀行，內部辦理商業性住房貸款，簽訂相關協議，確定貸款合同的成立。
申請人在申請公積金貸款的時候，要和公積金管理核心以及受委托銀行簽訂三方協議委托代理銀行進行代扣還款，自動從公積金賬戶中劃扣金額到還款賬戶。