1.商住用地性質為綜合用地。根據國家土地法規定，綜合用地使用年限為50年，而普通房屋使用年限壹般為70年。
2.未來使用成本不確定。商住樓的水、電、暖等使用費將全部采用商業價格。所以對於購房者來說，買房的時候要問清楚。目前大多數開發商在開發初期采取相應的補救措施，可以按民用價支付。
3.商住兩用房和普通房在稅費上是有區別的。普通住宅項目初次購買及以後轉讓的契稅為1.5%，50年產權的房屋契稅按3%繳納。
4.貸款條件的限制。大部分商住房不能申請公積金貸款，但少數項目在開發商的努力下是可以做的。另壹套50年或40年的房子，如果采用銀行貸款，只能拿到50%或60%的房貸。
5.對於普通住宅來說，商住兩用房的人防、消防建設標準更高，相對更安全。