銀行扣員工年金歸還不良貸款違規嗎?

不合法。

銀行只會在貸款合同指定的還款賬戶中扣取月供，除非有另行約定。銀行還貸是會在指定的還款卡扣除還款的，扣員工年金還不良貸款不合法。

但是，為了不影響用戶個人的信用記錄，建議每月按時還款。